316 ورقة بحثية
من خلال دمج التنبؤ بالبنية بالذكاء الاصطناعي مع المنهجيات الكيميائية الحيوية والديناميكا الجزيئية، تكشف هذه الدراسة أن نطاقي "بليكسترين هومولوجي" (PH1 وPH2) يعملان كدعامة لمعقدات SNARE التي تحتوي على SNAP-47 لتنظيم اندماج الغشاء أثناء اللدونة المشبكية، حيث يتفاعل PH1 تحديداً مع الالتفاف اللولبي لـ SNARE بطريقة حساسة لأستلة الليسين.
تُظهر هذه الدراسة أن أجهزة التدفق الجانبي (LFDs)، المستخدمة بالفعل في تشخيص داء الكلب، يمكن إعادة توظيفها كعينات جينومية لتمكين المراقبة الفيروسية السريعة واللامركزية في المناطق النائية دون الحاجة إلى جمع عينات إضافية أو سلسلة تبريد، مما يوفر نافذة عملية تبلغ حوالي ثلاثة أسابيع لاستعادة الجينوم بالكامل تقريبًا.
تقدم هذه الورقة تقنية مجهر التمدد الشبكي (nfExM)، وهي بروتوكول مبتكر يحل التوتر بين الحفاظ على التنظيم البروتيني وتحقيق التمدد متماثل المناحي عبر تثبيت البروتينات مباشرة في شبكة هيدروجيل من خلال عملية كيميائية سريعة ومنخفضة الحرارة، مما يتيح احتفاظاً فائقاً بالمستضدات وحفاظاً على البنية النانوية.
تكشف هذه الدراسة أن إنزيم ELAC1 السيتوبلازمي البشري (RNase ZS)، المعروف سابقاً بإصلاح الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNAs) التالف، قد أُعيد توظيفه لمعالجة الأحماض النووية الريبوزية غير المشفرة ذات البنية المحددة، وتحديداً عن طريق شطر حمض الـ vault RNA (vtRNAs) والـ Y RNA، مما يبرهن على التخصص الوظيفي بين نظيري ELAC1 وELAC2.
تُظهر هذه الدراسة أنه بينما يمكن لـ AlphaFold 3 تحديد واجهات الارتباط المحتملة بين الأبتمر والبروتين بفعالية، فإن مقاييس الثقة الخاصة به لا تتنبأ بموثوقية بقوة الارتباط، مما يؤكد ضرورة دمج النمذجة الهيكلية القائمة على الذكاء الاصطناعي مع التحقق الفيزيائي الحيوي التجريبي مثل الترحل الحراري المجهري من أجل تحسين الأبتمر بدقة.
تكشف هذه الدراسة أن الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الفيروسي HSUR1 وHSUR2 يستقطبان بروتينات بوميليو (PUM1/2) المضيفة كعوامل مساعدة أساسية لترخيص ارتباطهما بمرسال الحمض النووي الريبوزي المستهدف، مما يبرهن على آلية جديدة حيث تمكن البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي من التوسط في كبح الجينات عبر الحمض النووي الريبوزي غير المشفر بدلاً من العمل كمؤثرات تابعة لها.
تكشف هذه الدراسة أن عامل النسخ Fzf1 ينظم بشكل مزدوج تعبير DDI2/3 المستحث بالإجهاد الكيميائي في خميرة السكر (*Saccharomyces cerevisiae*) من خلال العمل كمنشط نسخ مباشر وكعامل رائد يسهل إعادة تشكيل الكروماتين عند تسلسلات التثبيط العلوية، مما يسمح بمستويات تحفيز أعلى بكثير مقارنة بالجينات الأخرى التي ينظمها Fzf1.
من خلال تطبيق تسلسل الميتاترانسكريبتوميكس على 76 من السلاحف البحرية التي خضعت لتشريح الجثث في أستراليا، تكشف هذه الدراسة عن "باتوبايوم" (مجموع ممرض) معقد من الطفيليات والبكتيريا والفيروسات الجديدة المتزامنة والمتنوعة، مما يشير إلى أن نفوق السلاحف غالباً ما يكون مدفوعاً بتفاعلات معقدة بين عوامل معدية متعددة وضغوط بيئية بدلاً من عوامل مسببة منفردة.
تكشف محاكاة الديناميات الجزيئية على مقياس الفيروس (virion) أن تنظيم إنزيم الاندماج (integrase) في فيروس نقص المناعة البشرية النوع الأول (HIV-1) في شكل خيط واحد طويل من البروتين النووي الريبي، بدلاً من كونه رباعيات معزولة، يعد أمراً ضرورياً لتوجيه تجميع القفيصات الناضجة إلى شكلها المخروطي والمستطيل المميز.
تقدم هذه الدراسة استراتيجية تطبيع الرتب التي تتيح المقارنة عبر المسارات لمعدلات دوران البروتين بين نظامي اليوبيكويتين-بروتيازوم والالتهام الذاتي-الليزوزومي، وذلك عن طريق تحويل قيم الاستقرار المطلقة إلى درجات مئوية، مما يكشف عن تفضيلات التحلل على مستوى البروتينوم ويقدم دليلاً كمياً على عملية الالتهام الذاتي للبروتينات (proteaphagy).